Readme.txtより抜粋

○設定ファイルについて
初回起動のゲームはSSF.iniの設定を使用します。
なので、SSF.iniはデフォルト値ということになります。
SSF.iniはディスク無しの状態で起動した場合に設定できます。Setting.iniはプリセットです。
一度起動したゲームの設定はSettingフォルダに保存されます(ゲーム毎に設定を保存します)。

・Save to SSF.ini
チェックを入れるとゲーム毎の設定ファイルとSSF.iniに保存します。
デフォルト値(SSF.ini)を変更したい場合にチェックを入れてください。