自分の環境でオートリロード関連のバグ再現性100%の方法を見つけたので書いておきます

1. 再現しやすくするためにオートリロードの更新間隔を5秒にしておく
2. オートリロードON(読み上げモード)にしたスレを開いたワークスペースAでSikiを立ち上げる
3. オートリロードOFFのスレがあるワークスペースBに、コマンドworkspace:nextで移動する
4. この時点でオートリロードOFFのスレでも自動でスクロールが始まるようになる

皆さんの環境ではどうか分かりませんが少なくとも自分の環境ではこれで100%再現されますね
Alt+Tabによるウィンドウ切り替えも一度も挟まずに再現できます
報告は以上です