cfgバックアップとって削除するのが手っ取り早いでしょうね

開発者の大半はWinでしか動作チェックしてないと思う
Fireも大概だけどVitaとかPSPとかPS2、3DSなんかのRetroarchも基本バグまみれなのでね
自分にとって安定するVerがあればそれを維持するしかないんすよ
俺のVitaのRAなんて1.6.9とかだし
複雑になりすぎた