roamingのvlcフォルダに記録されるやつは新規インスト時に2回、レ点で初期化の有無を問われる
その段階でレ点付けたままインストしちゃっているんじゃない？

何でもかんでもバックアップする俺は、初回インスト直後に自分好みの設定をした後、vlcをバックアップしてその後の更新時に再設置している
新ver.で設定項目に追加がなければ、ほぼ上位互換で更新前と同じ環境のまま新ver.を使えるよ
そのくらいvlcの設定関連は新設設計だね