よくわからんけどOS本体のディスクがSSDとかだとシャットダウン時にJaneの終了オプションで設定ファイルが書き込まれる前に本体OSが落ちるので次回Jane立ち上げ時にこける
そのこと言ってる？
俺はJane終了してから本体シャットダウンするようにしてる