今さらながらにグラディウス3&4の３で内部解像度を上げたときの余計な線が出ない方法がわかった
Align To Nativeでもいいのだが若干ゲーム自体の表示位置がずれるのでハーフピクセルオフセットを通常（Vertex）にする
というかv1.6.0までだとこの設定では直らなかったので諦めてソフトレンダだったのだがv1.7.5270で改めてチェック
これで3と4で設定変更しなくてもよくなったような気がする