ちなみにあのあと調べてみたら、
Caps Lockへの割り当ては既知の問題だったみたいで
WikiのFAQに載っていました、すみません

あと、Change KeyでCaps LockをF13とかの仮想キーに割り当てて
AutoHotKey側でその仮想F13（実際押すのはCaps Lock）と
IJKLを組み合わせる方法があるみたいなので、
あとでそちらを試してみます