どうフォルダ構造が崩れたのか
sdカードの構造をどうしたいのか

Androidを経由せずにsdカード直差しもしくはリーダーで書き込んだ場合はどうなるのか
書き込んだsdをAndroidに挿して読み込んだらどうなるのか
その後再びpcに挿してみたら中はどうなっているのか

昔Androidの転送周りで苦労して嫌いになったわ