リッピングの正確さでは Exact Audio Copy (EAC) や dBpoweramp Music Converter が王道と言われているけど
正確にリッピングできたかを検証する世界基準のデータベース AccurateRip に対応しているという点では MusicBee も同じなので
AccurateRip で検証したけど問題なし、という結果なら MusicBee のリッピングを信じていいと思われ

音楽ファイルの形式はそれ（WAV）でOK
最近のPCは高性能なのでFLACでも問題なさげ