例えばDドライブルートでgit init --separate-git-dir {DOT_GIT_PATH}して
Gitの差分情報(DOT_GIT_PATH/.git)を別ドライブに置く設定で
.gitignoreは!*.txtと書いておいたらテキストファイルのバックアップ兼履歴システムになるのでは

エディタ側のサポートがないと個別にaddしたりmvしたりと煩雑だけど