自分は寝室で専用機を32インチTVに繋いでプレイしてて、環境的にキーボードとマウスが使い辛いんで、パッドで完結できるRetroArchじゃないと不便でしょうがない
スタンドアロン版を使う実用面でのメリットは互換性くらいで、それすらもほとんどの場合で問題がない
一元化されてるから管理もしやすいし