亀ですが、Mery Build 2.2.1.4937 では
ルーラーで折り返しを設定して終了、再起動すると設定が引き継がれている

ツール→オプション→折り返し方法(W)は
・メニューの表示(V)で「折り返さない」にしたとき、折り返し方法(W)「折り返さない」
・ルーラーで折り返しを設定すると、表示(V)でも折り返し方法(W)でも「指定文字数で折り返し」
・文字数(M)はルーラーで設定したとおり。再起動してもルーラーの通りで変わらない