`OKWord` `OKNGWord`は意図して廃止しました（使っていなかった為）
一部否定と完全否定というのは｀部分一致｀と｀完全一致｀のことですか？そうであるなら、正規表現で調整すればいいです。正規表現の部分は基本的にgオプション(くりかえしマッチ）とiオプション(大文字・小文字無視）が設定してあり、文全体にマッチさせたいときは/^あいうえお$/のように書くと文全体にマッチします。文中の単語にマッチさせたいときはそのまま/草/,/EMPTY/,ALL,EMPTYと書くと例えば「もう草」の草に部分一致します。
コメントが「もう草草」であっても/草/,/EMPTY/,ALL,EMPTYのルールだけで繰り返しマッチするはずです。（例えば草をABCに置き換えるルール（/草/,/ABC/,ALL,EMPTY)とすると「もうABCABC」になります。
NGワードとNG正規表現は実質統合できるフィルタ設定でしたし、SuperNGワードとSuperNG正規表現もニコる数を指定できるようにしたことで同じ効果になります。動画別NGも動画SMIDを指定できるようにしましたし、NGUserIdもあります。（動画別NGUserIdも）
パフォーマンスに問題があるのは認識しているのでいずれ直します。
あと「許可以外のコメントの位置と大きさが変わらない」というのは「置換対象のコメントのコマンドも置換対象に加えたい」という意味ですか？それは考えてなかったなぁ…。つまりコマンドが`shita big 184`だった場合`ue medium 184`とかに置き換えたいってことですよね？CommentFilter2では置換対象はbodyしか対象にしていないので…うーん。。。