9.94以降は最初に検索した書庫と同じ内容になるっぽいね
* や *.* で検索してすべて表示させた方がわかりやすいかも

そもそも書庫内検索って複数の書庫を対象にするとフォルダーより下に格納されているだけで
実際のファイル名では検索してくれないバグがずっと残ってるんだよね…
その例を流用すると
PxUserBlock.user.zip
 └folder
    └test.js
にしただけでワイルドカードを使った *.js なら検索されるが test.js だと見つからない
(今開いている書庫の中を検索なら見つかる)

>>921 は再現できなかった
アクセス権を厳しくしてる?