ミュートが透明になるのは設定→サイト編集→（編集する場所を選ぶ）→レス→ミュートを透明にするのチェック項目
編集する場所を選ぶのは透明になってるスレの板を調べる、もしくは全体設定で一括全てに適応するかはお好きに

NGは設定→NG/協調のそれぞれのNG項目から「NG（本文非表示）」をクリックして
プルダウンから「透明」を選べば消えるので、現在「透明」になってるのを他に変えれば消えなくなる