なんとなくわかったかも
MediaInfoで調べると
ダウソしたファイルでは音声がCBR
demuxしたファイルでは音声がVBR
こちらで再度muxしてエラーが消えたファイルでは当然音声もVBR

ナマケモノはVBRのものをCBRとしてmuxするっていうバグかましてんじゃね?