CSのカット部分が汚くなる対処法は、あらかじめ20Mbps以上くらいのファイルを作成しておいて、それをマスタークリップにして出力モードをマスタークリップ準拠にするのが一番手間がかからないかも
マスタークリップ用のファイルは、ModBitrate4CS改使ったり地デジBS番組（1440×1080）の音声を差し替えたりすれば作れると思う