>>447
ウェブページを保存する際にメインブラウザからURLをpalemoonに渡して(またはその逆)保存しているという使い方をしていると推測します
そうであるなら、まずはWinGetTitleなどのコマンドのウィンドウ指定は全て ahk_class MozillaWindowClass ahk_exe palemoon.exe
のようにクラス名とExe名を併記するように指定してください

以前にも書きましたがFireFox系であればこの件についてはWinGetList + スタイルによる絞り込みは必要ありません
ちなみにv1のWinGetListは WinGet, OutputVar, List, WinTitle という記述になり、OutputVar1のように疑似配列として扱います

そもそもとして、ウィンドウタイトルの取得の目的が保存名に指定するためなのであれば、ウィンドウタイトルを取得する必要はないと思います
保存ダイアログのクラス名が#32770という事はWindowsの標準ダイアログが呼び出されているだけなので、ControlGetText、ControlSetTextなどが使用できます
通常であれば、ウェブページの保存名の初期値は禁則処理された状態のページタイトル + 拡張子がデフォルトなので、変更が必要な場合こちらを取得して改変したほうがスマートです
つまり、WinGetTitleも必要なければ、途中でコピペにウェイトが必要なクリップボードの操作も必要ないので、余計な要因が介入してくるのを減らすコーディングが可能と言う事です
全体の流れとしては下記のように出来るはずです

; Run, [palemoon.exeのフルパス] %URL%
; Sleep, 1000
ControlSend, ahk_parent, ^s, ahk_class MozillaWindowClass ahk_exe palemoon.exe
WinWaitActive, Save ahk_class #32770 ahk_exe palemoon.exe
ControlGetText, save_title, Edit1, ahk_class #32770 ahk_exe palemoon.exe
; 保存先を手動で変更するならここでsave_title内を編集出来るような処理を入れる
; 既存のフォルダがないとダイアログのEdit部分でパス指定できないのでとりあえずMyDocument\ウェブページ\にsave_titleから拡張子を除いたフォルダを作成
FileCreateDir, % save_path := A_MyDocuments "\ウェブページ\" RegExReplace(save_title, "i)\.[^\.]+?$")
ControlSetText, Edit1, % save_path "\" save_title, ahk_class #32770 ahk_exe palemoon.exe
; Send, {Enter}