動画から字幕を抜いて、映像と音声は再エンコードせずにコピーで済ました新しいmkvファイルを作るffmpeg(CUIコマンド)を使うのがいちばん手っ取り早い
ffmpegの使い方を憶えると将来もずっと役に立つので、使い方を憶えることをお勧めします

ただし複数のファイルを対象にするとなると、それらのファイル名を取得してffmpegに渡す仕組みをスクリプトで組む必要があるので
バッチスクリプトやシェルスクリプトを書くことができる人でないと不可能
複数の動画ファイルを対象に一括で字幕を除去するGUIツールはもちろん存在するだろうけど、私には不要なので知らないです