MKVToolNix使ってたんならそのままそれじゃダメなの？
バッチ処理させたいって事なら、その複数あるファイルのうちの1つを読み込ませて不要なトラックのチェックを外す。
Multiplexerメニュー→コマンドラインを表示→エスケープを行わない、で現状の設定で実行する場合のコマンドラインが表示される。
ファイル名とかにスペース入っててすんなり動かないようなら""で括るとか多少コマンド文を調整すれば動くよ。
簡単なバッチを組めるようならそのコマンド文を元に複数ファイルドロップして順次forで回すとかも出来る。
難しいようならメモ帳にでもコピペしてソース元ファイル名と出力先ファイル名の部分を弄った大量の行のテキストをバッチファイルとして保存してダブルクリックでOK。