>>300
主はMac？　それともWinのみ？

ffmpegで映像を弄らないのは-c:v copyで良いけど、他の動画編集ソフトでそういう事出来るのはあんまり聞いたこと無い。
音声の方だけど、OBSStudioみたいにiTunesインストールする事で使えるApple系AACエンコーダはWin用のffmpegから使う方法は無いっぽい。
Macならffmpegからでもaac_atでApple系AACエンコーダ使えるらしいが。
ffmpeg-windows-build-helpersで自前ビルドしたバイナリと、ネット上から拾ってきたビルド済みバイナリの--help fullを漁っても、ヘルプにそれっぽい項目が無いから多分使えないと思う。

Apple系AACエンコーダじゃなければ嫌って事だと、MKVToolNixのmkvmergeあたりでmkvから音声だけを一旦抜き出してqaacで音声だけを再エンコさせてまたmkvmergeでmkvに戻すという一連の流れを一括処理でそれをforとかで回す事で多分実現出来るとは思うけど、バッチファイルを変数駆使して書く事になるので理解してないと無理だし相当面倒臭い事になりそう。
Win環境で思いっきりビットレート下げて32KとかならFDKAAC使う方が良いので、WSLかVirtualBoxとかにLinux入れてffmpeg-windows-build-helpersでFDKAAC(低ビットレートに強い)入りバイナリを作る方がffmpeg1本で完結するので楽だと思う。
エンコーダ種類に拘らず、96Kくらいならそこまで面倒臭い事しなくても適当なビルド済みバイナリ(FDKAAC無し)を拾ってきてffmpegデフォルトのAACエンコーダでも良いんじゃない？とは思う。