基本的にSRTにはそもそも字幕情報なんて入ってないでしょう（時間と文字列のみ）

拡張的に付加されるHTML類似のタグはVTT同様に存在するけど、
現状において、ffmpegはVTTやSRTにあるこれらを一切無視する
残したいのであれば、mkvtoolnixを使ってMKVに詰めるしかないと思うよ