バックアップしたデータをいじくるのは止めたほうがいい
それはそのままにして、新たなHDDを繋いでそこに向けてオリジナルからコピーするといい(現在までのバックアップデータが保存されてるHDDは緊急時用として接続を外して確保しておく)

どうしてもいじりたい場合は、「Everything」で重複してないデータを抽出するといい