>>402
ffmpegmux.py のタイムアウトに注目しよう。
大きなファイルサイズの"ffmpeg.exe"のバージョン確認処理が4秒以内に終わらなくてのエラーだと思うよ。
低スペック(HDDなど)だと、アップデート等と並列処理になるとランダム読込で遅延して時間内に処理できない。
（一度読みだしてメモリに乗っていれば一瞬で終わるから頻度は低いんだけど、）
エラーのまま進むとオーディオトラックが処理されずに無音の動画が出力される。

環境に合わせて適当にタイムアウトの秒数を増やせばいいよ。
例、ffmpegmux.py 94行付近
FFMPEG_VERSION_TIMEOUT = 4.0 * 15