>自動アップデート機能は便利そうだけどdatasourceとか自分でちょこちょこ弄ってるから削除や上書きされると困るんだけどそこら辺どうなるのかな

配布物を直接編集しているような場合は、そのファイルを事前にバックアップしておき、アップデート後にバックアップしたファイルを上書きしていただければよいと思います。
なお配布物に含まれないファイルがblackbrowser.exeのあるフォルダ配下にあったとしても、アップデートで削除するということはありません。
そのため、iniファイルを配布物とは異なる名前で格納しておけば上書きされる心配はありません。
ただし、開発元から新規に追加した配布物がユーザの作ったiniファイル名とたまたま一致してしまうなど、アップデートの際、誤って上書きしてしまう危険は0ではありません。

推奨する運用は環境設定で格納先フォルダ（datasourceであれば「格納先ディレクトリ」→「データソース」）をblackbrowser.exeのあるフォルダ配下でない場所に変えていただき、
そちらにdatasource配下のファイルをコピーしたものを編集していただく、という方法です。