TVAIだけでもできるかも? だが
確実にやるには

1. A-B, B-C間で数秒程度は重複するフレームをもたせてTVAIだけで中間ファイルA,B,Cそれぞれを切り出す
コーデックはffv1を選ぶこと コンテナはmkvにでもしとけ
2 出来上がったA,B,Cをつなぐのはフレーム単位で正確に編集できるエディタできっちり繋いで
最終出力用のエンコで書き出す

スマレンのSMRではffv1対応してないので不可
ffv1 を読み込めるエディタが必要になって VMW か ダビンチ なら読み込める
結合する際はキーフレーム云々はもう必要なくて(ffv1だし)VMWでもダビンチでも任意のフレームで正確につなぐことが出来る
もとの映像を1フレームも抜けず正確につなごうとするとそこが結構めんどいかな?

とりあえず無料のダビンチ使ってみれば