あー原因が分かったかもしれないです
NGEXで例えば

こんにちは|おはよう|さよなら

って複数ワード登録するとき

こんにちは|おはよう|さよなら|

みたいに最後にも縦の棒入れたから全部のレス消えたんじゃないかなって思いました
ただNG項目すべて削除したのに再起動じゃ消えたレス戻せなかったのが謎だけど…