Sleep, 100 を以下に置き換えると、確実性を保ったまま遅延を最短にできるかもしれません
while DllCall("user32\GetOpenClipboardWindow", "Ptr") { ; クリップボードにアクセスしているプログラムがある場合、そのハンドルを返す(なければ0)
Sleep, 10
}

ただスクリプトを見る限りでは、根本的な勘違いがあると思われます
ClipWait は他のアプリケーションから ^c などでクリップボードにコピーする際に使用するものです
Clipboard := newClip のようなスクリプト内で直接クリップボードに文字列等を代入する場合は
AHKが内部的にシステムと同期を取る仕組みを備えているため、基本的に ClipWait を使用する必要はありません

そして、この件で問題となっているのは連続動作によって、メモ帳が貼り付け処理を終える前に次の処理が来て
スクリプトがクリップボードを初期化したりしている絶妙な合間に、メモ帳が貼り付け処理をしてしまうためだと思われます
したがって、Sleep の位置は Send, ^v の前ではなく後に置くのが正しいと思われます(というかこの件に関わらず^v直後のSleepはほぼ必須)
上記を踏まえ、以下のようなコードでおそらく要求を満たす動作をするはずです

$^v::
Clipboard := RegExReplace(Clipboard, "(?<!\r)\n", "`r`n")
Send, ^v
loop {
Sleep, 10
} Until !DllCall("user32\GetOpenClipboardWindow", "Ptr")
Return