早速のご返答ありがとうございます。MozcフォークのIMEを使用しているため、もしかしたらと思いましたが、
MS-IMEでも同様の結果となってしまいました。
そして、>>258さんのスクリプトをお借りして、動作させてみましたが、やはりカンマが出力されてしまいます。
外付けキーボードでも、ノートPC内蔵キーボードでも同様の現象が見られます。
また、ahk v2以外のリマップソフトは動かしていません。（漢直WSをときどき動かしますが、ポータブルなので…）
そして、バージョンを書き込むのを忘れてしまいました。バージョンは最新版、2.0.26です。再インスコも試してみました。
今のところ打つ手なし、おま環ということでしょうか…