VivaldiはUI自体をWeb技術で組んでるから、外部ツールのフック系と相性悪い
Webレイヤー越しだとマウスイベントとかGDI/DirectWriteのフックが噛み合わないことが多い

例えばOpenMauSujiみたいなジェスチャソフトだと、
入力中にフォーカス管理が噛み合わなくて左上に謎の入力欄が出たりするし、
MacTypeが中途半端にしか効かなくてグリフ欠けたりボヤけたりして逆に汚く見えるのも同じ理由

logi options+はOSに近い上位レイヤーのAPIを使っているから、逆に相性悪いんだと思う
アップデートで一時的に改善することはあるけど、根本が設計の問題だから完治は難しい

logi options+の設定みたいにボタン割り当て必須ならどうしようもないけど、
マウスジェスチャ程度ならChrome拡張か、低レイヤーで動く相性いい外部ソフト探すしかない
俺はStrokesPlus.net使ってる