Githubがよく分からないので、こちらへ。
とりあえず、completeにならない理由としては、init001.cmfv とか含めて全部取得出来てないから終了処理されてない？

そのまま、videoのフォルダとaudioのフォルダを統合して、nltmp_外して so????????[1080p,320]_〜〜.hlsへ
そのhlsをmp4化は成功する。

って所までは分かりました。
とりあえず、nltmp_ フォルダから、so〜〜〜フォルダへ統合するバッチ組んで、自動処理にしたけども。
無いのが、init〜だけなら、手動でなんとか出来るけど、001.cmfa とかが無い事もあるので、その場合はどうにもならず。
キャッシュ再取得で・・・と思ったら、おそらくPHP関連で緊急メンテ・・・

お、おぅ・・・