というかさそもそも専ブラに相互互換性とか必要ないんだからbbsmenuやsubbackやdatなんかをそのまま大量に保存する必要性なくね?
sqlite3やrxdbなんかのローカルDBを使えばパフォーマンスもよくなるしファイル数やファイルサイズもコンパクトでミニマルになるから同期エラーの問題もなくなるんじゃね?