引っかかりポイントその1
Janexenoを開いたまま作業している

引っかかりポイントその2
URL=http://menu.5ch.net/bbsmenu.jsonが違う文字列が並んでいる
テキスト中の
[BBSMENU]
URL=http://menu.5ch.net/bbsmenu.json

これは設定の中のボード一覧取得URLがここに書かれてるので自身の設定によってはこのURLではない
わかんねーなら設定のとこのボード一覧取得URLに入力してOK押すかまちとか出したいならまちでスレ内検索とかしろ、解決策は書かれている
2chServers=.5ch.net,.2ch.net,.5ch.net,.bbspink.comを2chServers=.5ch.io,.2ch.net,.5ch.net,.bbspink.comには.ini開かなきゃいけないからどうせテキスト開かないと駄目だけどな

引っかかりポイントその3
全部やったのに毎回同意を押させられる
SimpleCookiePermission.txtを作ったときにファイル名が間違っている可能性が大
SimpleCookiePermission.txt.txtになってないか?
文字コードは今のところは関係ない

こんなもん?