一括置換がどうのこうの言ってるけど、
つながりを無視した単純置換だから問題となるんであって、
続きの文字列を考慮した一括置換は問題ないだろう

そういえば、バイナリエディタで、16進テキストを正規表現を使って一括置換することって出来るのか？
それが出来るなら文字列の長さはともかく、必要な置換自体はできそうだな

xxdあたりで16進ダンプ→テキストエディタで正規表現置換→バイナリ変換でもできそうだけど