まずニコ生のスマホ放送は配信開始時や再接続時に映像と音声の開始タイミングがずれるのが仕様
これがもともとの原因

次に録画ツール(yt-dlpやstreamlinkなど)全般の問題で音声の開始が遅れた場合その音声を認識しない(=録画しない)場合がある
これはもともと動画ストリームは1つだったことに起因すると思う でもこれは汎用録画ツールじゃしょうがないわけで

なので本来ならそういうニコ生の特殊仕様に録画ツール(仮やlivedlが対応すべきだったのだけど暗号化がうんぬんでできなくなったのね
そこのコロンブスの卵的な落としどころがSlNicoLiveRec V1.0.8.0の新機能だなと思うわけ
これは自分にはまったく思いつかなかった発想だわ 自分なら上の仕様で録画機能実装してしまうしw