Program Files以外に「何なのか区別しやすい適当な名前のフォルダ」を作る
フォルダー名は全般に日本語入力オフで使える1バイト文字記号のみが無難
まんまJaneStyleでも構わないが、改造で時として変わる上に旧バージョンに戻す必要が生じうるとかの場合は「どれがどのバージョンか一目で分かる」ように
2ChanSoftとか何とかいうフォルダーの中に
現行版がJaneStyle
旧バージョンがJaneStyle410
とか何とか複数に分けちゃうほうが混乱しにくい

ここから本題
パッチを当てたりで改造を繰り返すことがある場合
「何もしてない素のまま」を「JaneStyle423-org」とか何とか「フォルダーごとコピー副本を温存しておく」と便利
また「改造して正常に動いた」なら「そのままをフォルダーごとコピー」して「JaneStyle423-Kai-ShokiJoutai」とか何とかいう名前で温存するのもあり。
「設定だのログだのを引っくるめてコピーする」かつ「何なのか一目で分かるように部分リネームする」ということ。
容量は食うけど、今どきのテラのHDDやSSDなら何のこともない。

改造に失敗した場合とかに「改造した後の状態」のどこがどうなってるかチマチマ調べてチマチマ手直しするより、「JaneStyle423-org」を1から改造し直すほうがかえって早い、なんて場合も少なくない。