>>249
連絡サンクス
この場合は再エンコじゃなくてPTSを修正したmkvファイルを作るよ(無劣化)
ffmpeg -fflags +genpts -i "..." -map 0 -map -0:d -c copy -avoid_negative_ts make_zero "..._fixed.mkv"

これで出力されたmkvをjasnanに入力するとうまく処理されるはず
もし、これでもダメならjasna v0.8.1 側に問題あり

-FixScript <出力ファイル> オプションをつけると実行すべきffmpegコマンドが出力ファイルに書き出されます
動画ファイルが一つだったらこのファイルをテキストエディタ開いて該当行をPowerShellにコピペするのが楽かな