まずはffprobe等でdurationの時間とstreamの時間確認してみては？
メタデータのduration通りの時間のデータが入っていないのか、入っているけど途中で壊れているのか見当つくと思う。
LTXのステップ4で落ちると例えば1分の動画なのに10秒しか入っていなものが出来上がったりする。この場合はログ遡ると表示されてるけど。