USBには電源がのってるわけで電源は当然アナログ回路なわけでアナログノイズが発生する
そしてどんな機器だろうが転送方式だろうが音は最終的にアナログに変換されて出力される
D-A変換回路やアンプとUSBのGNDが繋がってしまっているならノイズの影響はありえるだろうね
電源回路のコンデンサーの品質にこだわるのと同じだな