ゲーム的に都市奪うのが美味すぎるからペナルティ与えてるだけだよ　ペナルティっていっても都市奪う美味しさと比べたら僅かなものだから気にしなくていいぞ
友好・同盟結んでから戦争するとか小都市を最後の都市にして滅ぼすとか、ペナルティを軽減する工夫もあるしな