C:\Users\{ユーザー名}\AppData\Local\Programs (%LocalAppData%\Programs)は通常インストールしたときにSiki.exeが配置される場所です

以前にそこ以外の場所にインストールしていた場合にsiki.exeが二か所に分散してしまい、どちらが起動しているかよくわからない状態になる可能性があります
一度どちらもアンインストールして再度インストールしなおせば一本に絞られるはずです