>>354
同名ファイルの判定は曖昧一致ではなく、
拡張子を除いた名前が同じかを、大文字・小文字を区別せずに比較しています。
同名ファイル処理をすべてOFFにした場合、この理由では非表示にならないはずです。

ただ、フォルダバーの「非表示 N件」には、同名ファイル以外に
隠し属性の項目や、mImageViewerで扱わない形式のファイルも含まれます。

「非表示 N件」をクリックすると、
「同名など / 隠し項目 / 対象外」の内訳が表示されます。
どの内訳が0以外になっているかと、表示されないファイルの拡張子を
教えていただけると助かります。

同名ファイル処理をすべてOFFにしても「同名など」が0にならない場合は、
不具合の可能性があるので調査します。