実際に振動対応してるのはSDLに実装されてるドライバだからDuckStation側で対応するものではないよ

見た感じsixaxis.sysで認識されてるHIDデバイスはデフォルトではhidapiドライバに無視されるようになってるみたいね
DsHidMiniを使えというそのままの事がソースに書いてある
https://github.com/libsdl-org/SDL/blob/79ae27bba1385fd717e99b7168801d0a399eac4d/src/joystick/hidapi/SDL_hidapi_ps3.c#L109-L114
https://github.com/libsdl-org/SDL/blob/79ae27bba1385fd717e99b7168801d0a399eac4d/src/joystick/hidapi/SDL_hidapi_ps3.c#L1123-L1130

SDL_HINT_JOYSTICK_HIDAPI_PS3_SIXAXIS_DRIVERというhintが用意されているから
SDL_JOYSTICK_HIDAPI_PS3_SIXAXIS_DRIVERという環境変数を定義して1に設定しとけば一応動くようになるのでは
https://wiki.libsdl.org/SDL3/SDL_HINT_JOYSTICK_HIDAPI_PS3_SIXAXIS_DRIVER